Já a jogabilidade é bastante atraente para os adeptos da matança rápida e divertida proporcionada pela franquia citada da Blizzard. Ou seja, essa equipe irá passar por diversos complexos tecnológicos que abrigam os vilões, derrubando pilhas e mais pilhas de soldados e chefes. Cada personagem detém uma habilidade única, assim como técnicas de combate específica. Enquanto determinado herói é capaz de dar ataques à distância, outro é capaz de atacar todos ao redor enquanto que alguns são melhores no corpo-a-corpo. A experiência adquirida nesse processo, além de melhorar a vida e a energia para ataques especiais, é capaz de dar a opção a cada personagem de melhorar partes específicas de seus ataques, o que é bom para se aumentar a personalização das estratégias.
Ao se fechar o jogo, é possível não só aumentar o número de personagens controláveis como também destravar vestimentas únicas para cada protagonista. Há poucos quebra-cabeças em Marvel: Ultimate Alliance e existem diversos barris que podem ocultar itens, no melhor estilo dos jogos de plataforma de antigamente: ação rápida e descomplicada.