Após ajustar a sensibilidade da mira remota dos joysticks, logo se vê que a rotina do jogo é atirar em grupos de soldados inimigos para, depois de executar todos eles, percorrer automaticamente para o próximo cômodo para repetir a dose. A dificuldade aumenta com os adversários buscando cobertura a todo instante e em diferentes níveis — às vezes em cima de veículos ou nos andares superiores de edifícios. O desenrolar do mapa se dá por bifurcações, o que concede ao jogo uma estrutura não-linear. Por fim, sempre existe um chefe com dificuldade elevada que deve ser executado com armas mais poderosas, uma bazuca por exemplo.
Com possibilidade de até 4 jogadores simultâneos em split screen ou 2 na mesma tela, Ghost Squad apresenta mini-games entre as missões que serve como treino para a equipe e uma quebra na rotina dos tiroteios. Os gráficos contam com um apelo realista não muito comum na plataforma da Nintendo, assim como a empunhadura proporcionada pelo Wii Zapper faz com o que o jogador levado sutilmente aos campos de guerra onde está combatendo.