Em uma dimensão chamada Vestroia, um Bakugan maligno chamado Naga decide tomar Vestroia para si. Naga tenta usa-la para ser o Bakugan mais forte de todos, mais o explode e divide o artefato em dois pedaços, o Centro do Infinito e o Centro do Silêncio. Ambas as duas partes, se forem colocadas de volta onde sempre estiveram, irão restabelecer o equilíbrio e fazer com que todos os Bakugans vivam felizes em paz novamente.
A História se concentra em um grupo de amigos que acham as cartas dos Bakugans caindo do céu. Eles resolveram então criar um grupo, denominado Bakugan Guerreiros da Batalha que consiste em sete crianças: Dan, Shun, Runo, Marucho, July, Alice e mais tarde Joe Brown. Juntos tentam descobrir mais sobre a origem dos Bakugans, enquanto ainda tentam destruir Hal-G e Naga.
Fãns arduos de animação japonesa,afirmam que Bakugan é plage de Yu-Gi-Oh!, Beyblade e Pokemon