A abordagem do cooperativo se torna mais orgânica, habilitando um número muito maior de táticas cooperativas, algo bastante limitado no primeiro Army of Two. Além disso, as táticas recebem modificações conforme o jogador avança pelo cenário.
A inteligência artificial também parece ter sido aperfeiçoada, e se você for jogar numa partida de um só jogador, perceberá a diferença na ação do personagem controlado pela máquina, que se comporta como se fosse um ser humano jogando.
Outra coisa que muda é que, ao invés do jogo se passar em diversos lugares do globo, como seu antecessor, The 40th Day traz um só cenário: Shangai. O enredo também muda e se torna bem mais linear, seguindo o estilo de filmes de ação hollywoodianos.
A sequencia se passa algum tempo após o final do primeiro título, e os personagens do primeiro jogo, Salem e Rios, fundaram uma corporação militar particular própria, a TransWorld Operations, cuja sigla é TWO. Ao iniciarem um trabalho rotineiro em Shangai, uma corporação adversária ataca e destrói uma parte da cidade, aprisionando os heróis na cidade e obrigando-os a lutar por suas próprias vidas.
O jogo traz uma série de melhorias e novos elementos, mas as provocações características entre ambos os personagens do jogo aparentemente foram retiradas do jogo, o que não é tão positivo, dado que poderia tornar-se uma característica humorística da série.